中学生からは、本格的な文法や数多くの単語がスタートします。先取りを行い文法・単語を導入するのではなく、語学本来の「本場に触れる」ようにネイティブの発音が聞けるLepton（レプトン）を採用しています。これにより、「正しい発音を聞き取る力」「発音から単語を導く力」などを小学生のうちに行います。
そして、Leptonはの良さは「楽しい」ということです。語学に必要な４技能「Listening」「Speaking」「Reading」「Writing」をバランス良く学習していきます。

中学の英語、数学、理科、社会すべての科目において、読解力が求められます。
ペンシルゼミナールでは小学生からこの読解力と漢字に力をいれて、どの科目にも活きる力を伸ばします。
小学生低学年からペンゼミに通い、国語力を身につけた生徒が中学生になってから学校の成績のトップを維持している実績もございます。 小学生の指導では、中学生入学後を見据えて問題を解く力を小学生のうちに十分に身につけます。

完全個別指導で、自分でできる力を育てます。
最初から全て解を導けるのであれば、塾は必要ありません。ペンシルゼミナールでは、答えが出せるように「習う」のではなく、答えが導けるように「考える」ことに重きを置いております。そのために、まずは基礎を徹底します。
算数が苦手な子には、「どこ」でつまづいてしまったのかをプロの目で確認します。既習内容をさかのぼり学習する子もいます。